お役立ちコラム

IPO準備企業が知っておくべきストックオプションの制度と活用法|発行手続きから注意点までを弁護士がわかりやすく解説

2025.08.18

IPO(新規株式公開)を見据えるスタートアップ企業にとって、ストックオプションは重要なインセンティブ設計・資本政策の一部です。
しかし、「税制適格にすべきか?」「IPOに向けていつまでにどう設計すべきか?」「退職者の扱いは?」など、制度理解と実務対応のギャップに悩む経営者・管理部門も多いのが実情です。
本記事では、ストックオプションの基本から、IPO準備段階での実務的な活用方法、発行手続、よくある失敗まで、弁護士の視点で丁寧に解説します。IPOに向けて適切な選択を行うための参考として、ぜひご活用ください。

もくじ

1. ストックオプションとは?制度の基本を理解する

1-1. ストックオプションの定義と目的

ストックオプションとは、企業が役員や従業員に対して一定の条件で自社株式を将来取得できる権利(新株予約権)を付与する制度です。主に報酬の一部として活用され、給与以外のインセンティブとして機能します。
スタートアップにおいては、資金に限りがある中でも優秀な人材を引き付け、IPO後のリターンを見込んで参画してもらう目的で使われるケースが多くあります。経営と一体感を持ち、企業価値向上に向けたモチベーションの醸成にもつながります。

1-2. 税制適格・非適格の違い

ストックオプションには「税制適格」と「非適格」があり、税務上の取り扱いが大きく異なります。

税制適格ストックオプション

行使時課税なし、売却時に譲渡所得課税(分離課税20.315%)

非適格ストックオプション

行使時に給与課税(最大55%超)、売却時に譲渡所得課税

 

税制適格を利用するには、行使価格・保有期間・対象者など複数の要件を満たす必要があります。

1-3. 新株予約権との関係

ストックオプションは会社法上の新株予約権の一種であり、一般の投資家や取引先に対して発行する新株予約権とは、目的や設計が異なるものです。ストックオプションは基本的に従業員や役員向けに無償または安価で発行され、資金調達ではなく人材獲得・維持が目的となります。

2. IPOとストックオプションの関係性

2-1. IPO準備フェーズで注目される理由

IPOを目指す企業にとって、ストックオプションは単なる報酬制度にとどまらず、人材の獲得・定着と資本政策を結びつける重要な戦略ツールです。
特に上場審査においては、役職員に対するインセンティブ設計が健全に構築されているかどうかが問われるため、ストックオプションの設計は初期段階からの検討が望まれます。

ストックオプションが注目される理由
  • 給与以外の報酬手段として、上場後のキャピタルゲインを提示できる
  • 優秀な人材の採用競争力を高められる
  • 経営陣や従業員の企業価値向上へのコミットメントを高められる
  • IPO時点での潜在株式の見込みを資本政策上把握できる

2-2. IPO審査におけるストックオプションのチェックポイント

IPO審査では、付与されたストックオプションが「不公平・不明確・利益供与的」でないかどうかをチェックされます。審査法人や証券会社からは、以下のような点が重点的に確認されます。

  • 取締役・従業員・退職者への付与状況(職責と報酬の整合性)
  • 稟議・株主総会・契約書類等の整備状況
  • 税制適格要件の適否とその判断根拠
  • 行使価格や発行数が適正に算出されているか
  • ベスティング条件が合理的で、役職ごとに一貫性があるか

 

曖昧な契約や目的外の付与があると、「社内ガバナンスに不備がある」と判断されて上場準備に支障を来すおそれがあるため、制度設計の早期段階から法務・税務・会計を意識した整備が必要です。

2-3. IPO後のストックオプション評価と投資家からの視点

IPO後は、付与されたストックオプションの内容が投資家に開示されるため、その設計内容が企業の評価や株価形成にも影響します。特に注意すべき視点は以下の通りです。

  • 未行使ストックオプションが多すぎると、将来的な株式の希薄化リスクとして市場に警戒される
  • 経営陣への付与割合が過剰だと「経営に対する過度な利益供与」としてマイナス評価を受ける
  • 行使条件やロックアップの整備が不十分だと、上場直後の売却リスクとして懸念される

 

上場をゴールではなくスタートとするなら、IPO後の株主構成・市場評価にまで影響を与えるストックオプションの透明性と妥当性の担保が必須です。

3. IPOを見据えたストックオプション設計の実務

3-1. ベスティング条件の設計(付与日・失効日など)

IPO準備段階でのストックオプション設計において、最も重要かつ難易度が高いのがベスティング(権利確定)の条件設計です。
適切な設計により、ストックオプションは優秀な人材のリテンション(定着)とモチベーション維持に機能しますが、曖昧な条件は将来のトラブルの火種にもなります。

よく使われるパターン
  • 4年分割付与型(25%ずつ毎年確定)
  • 1年クリフ(1年経過後に初回25%、以後毎月)
  • 成果連動型(売上達成・開発完了・KPI基準到達等)

 

また、付与日からの経過ではなく「IPO承認時までに確定するように設計しておく」と、IPO後の希薄化を見積もりやすくなります。

3-2. 退職・異動・死亡時の扱い

ストックオプションの設計で見落とされがちなのが、想定外の事態に対する取扱ルールです。

自己都合退職

即時失効または一定期間内の行使期限設定(例:退職後90日以内)

会社都合退職

一部維持(在籍期間に応じて)

死亡時

相続人への承継有無と手続きの明記

 

こうした条件が契約書に明確に書かれていないと、退職後に「行使させろ」と訴えられるなど、IPO前に社内混乱を招く要因になります。

3-3. 契約書・通知書の作成と整合性管理

IPO準備においては、ストックオプションに関する契約・稟議・通知書の整合性が監査法人や主幹事証券から細かくチェックされます。

必要書類
  • ストックオプション付与契約書(個別)
  • 付与対象者リスト・行使台帳
  • 稟議書・株主総会議事録・募集要項
  • 税制適格性に関する届出書・確認書類

 

「契約書はあるが、議事録と内容が不一致」「付与台帳に不整合がある」といった事例は、上場延期やストックオプション無効リスクにつながることもあるため、専門家との連携が必須です。

4. 税制適格ストックオプションの適用要件と落とし穴

4-1. 税制適格ストックオプションのメリットとIPOとの相性

税制適格ストックオプションは、行使時には課税されず、株式売却時にのみ20.315%の譲渡所得課税が適用されるという大きな税務上のメリットがあります。
特にIPOを見据えるスタートアップでは、

  • 行使タイミングが上場直後になる想定
  • 株価の急騰によって行使直後の売却益が見込まれる
  • IPO審査においても「インセンティブ制度としての妥当性」が評価される

 

といった点で、税制適格ストックオプションとの相性が非常に良い制度設計となっています。

4-2. 要件一覧と適用判断の流れ

税制適格ストックオプションの主な適用要件は以下の通りです。

付与対象者

発行会社または子会社の役員・従業員

行使価格

付与決議時点の時価以上で設定

行使期間

付与から2年超10年以内に設定

年間行使額上限

1人あたり年間3,600万円(取得価格ベース)

譲渡不可/相続不可/譲渡予約不可

 

制度適用には、上記のような形式要件に加えて、実務上は「台帳管理の徹底」も不可欠です。
これは、誰に・いつ・どれだけの権利が、どのような条件で付与されたかを記録した一覧表であり、以下のような情報を含みます。

  • 対象者の氏名・所属・契約書との紐づけ
  • 付与日、行使価格、行使期間
  • ベスティングスケジュール、退職・行使履歴

 

この台帳は、税務署への届出内容や株主総会議事録・通知書との整合を図るうえで重要な根拠資料となります。
IPO準備段階では、監査法人からも厳しく確認されるため、早い段階から正確な台帳管理体制を構築しておくことが求められます。

4-3. 非適格扱いになってしまう典型パターン

以下のような不備があると、非適格扱いとなってしまうことがあるため、ストックオプション発行の際は特に注意が必要です。

典型的なNG例 説明
行使価格が額面(時価未満)で設定された 譲渡所得ではなく給与課税になる
付与日や行使期間が台帳に明記されていない 税務署への届出が不備とされ、否認リスク

税制適格を狙う場合、「契約書で形式要件を整えるだけ」では不十分です。 IPO対応レベルでは、議事録・通知書・登記書類との整合性まで含めた「税務監査に耐える制度設計」が求められます。

5. 発行手続の流れとスケジュール管理

5-1. 取締役会・株主総会での決議要件

ストックオプションの発行には、会社法に基づいた取締役会および株主総会の決議が必要となるケースがあります。具体的な決議の要否は、発行形態や会社の定款により異なります。

発行類型 必要な決議
無償付与
(一般的なストックオプション)
原則として株主総会決議が必要
有償発行
(有償ストックオプション、新株予約権等)
取締役会決議で足りる場合もあるが、第三者に割り当てる場合は株主総会決議が必要

また、第三者割当を伴う場合や、譲渡制限付きの予約権を発行する場合には、既存株主との関係や株価算定の適正性にも留意する必要があります。

5-2. 定款確認・変更の必要性

ストックオプションの発行にあたっては、事前に定款の規定内容を必ず確認する必要があります。
とくに以下の点が重要です。

  • 無償で新株予約権を発行するための定款規定があるか
  • 新株予約権に譲渡制限を設ける旨の定款条項が整備されているか
  • 発行条件(行使価格や目的など)と定款記載との整合性が取れているか

 

万が一定款に必要な規定がない場合は、発行前に株主総会による定款変更が必須となります。これを怠ると、登記やIPO審査段階で無効を指摘されるおそれがあります。

5-3. 契約書・募集要項・登記書類の整備

ストックオプション発行に必要な主な書類は以下の通りです。

  • ストックオプション契約書(付与対象者との個別契約)
  • 株主総会議事録・取締役会決議書
  • 募集要項(募集人員・行使条件などを明示)
  • 登記申請書類(予約権発行登記など)
  • 税制適格に関する届出書類(税務署提出)

 

これらの書類は、内容の整合性と保管体制が審査・監査上非常に重要視されます。
契約書単体ではなく、議事録や稟議資料、付与台帳との一貫性までを意識して整備しておくことが重要です。

6. IPOを想定した注意点とトラブル事例

6-1. 株主・VC・従業員間での行使時トラブル

IPO前後で特に問題になりやすいのが、ストックオプションの行使タイミングや行使株数をめぐる関係者間の利害対立です。

  • VC「IPO直前の行使は株価に悪影響を与える」
  • 従業員「ロックアップで売却できないなら早めに行使したい」
  • 経営陣「資本政策上、権利行使の集中は避けたい」

 

こうした対立を未然に防ぐためには、行使制限やロックアップ規定の明文化、ベスティングの段階設計が極めて有効です。

6-2. ベスティング設計とIPO直前の権利集中

ベスティングスケジュールが「IPO前に一括確定」するように設計されていると、IPO直前に権利行使が集中し、株式の大量発行や会計上の処理負担が増すリスクがあります。
また、「IPO直後に全員が売却できる」ような制度設計では、株式市場への信頼性が損なわれ、上場後の株価形成に悪影響を与えることもあります。
IPOフェーズでは、以下のような調整が推奨されます。

  • IPO前に確定するストックオプションと、IPO後に確定するストックオプションを分けて設計する
  • 上場後の売却制限(ロックアップ)期間を設定する
  • 行使可能期間に幅を持たせ、柔軟に対応できるようにする

6-3. 株主総会資料やIPO審査資料との不整合

実際のIPO準備現場では、「過去のストックオプション発行資料と現在の管理資料が一致していない」というトラブルが非常に多く発生します。

  • 株主総会議事録に記載された行使条件と、契約書の条件が異なる
  • 台帳上の行使価格が実際の発行価格と違っている
  • 株主向け説明資料と登記情報に食い違いがある

 

このような齟齬があると、証券審査において「ガバナンス体制不備」「内部統制不備」として指摘され、上場延期や審査不可のリスクに直結しますので、特に注意が必要となります。

7. IPO後のストックオプション管理

7-1. 上場企業におけるストックオプション制度の維持と改定

IPO後もストックオプション制度は「終わり」ではなく、上場後の組織運営・人材獲得・ガバナンスの中で継続的に運用・見直しが求められる制度です。

上場企業における主な運用課題
  • 成長戦略と連動したストックオプション再設計(中長期インセンティブ設計)
  • 新規採用人材への追加付与
  • 海外拠点やグローバル採用への対応
  • 開示義務・会計処理の正確性担保(株式報酬費用の計上)

 

企業規模が拡大するにつれ、制度運用の透明性・整合性・説明可能性がより一層重要になります。

7-2. インサイダー情報とストックオプション行使の関係

IPO後は、ストックオプションの行使や売却が「インサイダー取引」に該当するリスクも生じます。

四半期決算前の行使・売却

内部情報を利用したとみなされる可能性

経営方針変更・業績修正などの前後での動き

法令違反のおそれ

社内の一部従業員への偏った情報共有

フェアディスクロージャー規制への抵触

 

そのため、ストックオプションの行使や売却についてはブラックアウト期間の設定や社内規程の整備が必要です。証券会社との調整や弁護士によるチェック体制が望まれます。

7-3. 株価変動リスクと従業員への説明責任

IPO後のストックオプションは、制度として整っていても株価が下落すると「絵に描いた餅」になるリスクがあります。
従業員が「期待していた利益が得られなかった」と感じると、モチベーションの低下や退職の増加、組織不信につながるおそれもあります。
企業側には以下のような説明責任が求められます。

  • ストックオプションは“確定した報酬”ではなく、“将来の可能性を共有する制度”であること
  • 行使時期・課税・リスクを含めた教育と説明の実施
  • 株価が下落した場合でも制度の意義を維持する設計(再付与の検討など)

 

8. FAQ:IPO準備企業が知っておきたいストックオプションの実務ポイント

Q. ストックオプションは何年くらい前から準備を始めればいいですか?

ストックオプションの設計と発行は、遅くともIPOの2年前までに着手するのが理想です。税制適格要件を満たすにはベスティング期間や行使期間の調整が必要であり、退職・在籍条件との兼ね合いも出てくるため、後出しの設計では制度として機能しにくくなるおそれがあります。また、監査法人や証券会社との協議を見据えた整備が求められるため、早期から専門家に相談することを強くおすすめします。

Q. 株主との調整は必要ですか?

はい、特に第三者割当や有償ストックオプションを発行する場合、既存株主(VC・エンジェル等)との合意形成が重要です。ストックオプション発行によって将来的に株式が希薄化するため、株主間契約に発行制限がある場合や、株主総会での特別決議が必要な場合もあります。事前に関係者との調整を行い、発行条件・人数・上限比率等を共有したうえで進めることが実務上の鉄則です。

Q. 海外子会社や外国人役職員にも付与できますか?

可能です。ただし、税制適格ストックオプションの対象外になるため、非適格ストックオプションとしての発行になります。また、相手国の税務・証券法制に配慮する必要があり、グローバル企業では「海外専用のストックオプションプラン」を設けて運用するケースもあります。言語・通貨・税務報告等の対応も含めて制度設計するためには、専門家との連携が必要です。

Q. ストックオプションは一度発行したら変更できないのでしょうか?

原則として、発行後に契約内容を一方的に変更することはできません。変更する場合は、対象者の同意取得に加え、株主総会の再決議や登記の修正が必要となることがあります。ただし、未行使分を失効させて再付与する(リプレイスメント型)といった方法で、柔軟に対応することは可能です。変更の必要が生じた場合は、必ず弁護士等の専門家に相談してください。

Q. ストックオプションの行使価格はどうやって決めるのですか?

行使価格は、発行時点の公正な時価をベースに設定するのが原則です。非上場企業では、第三者による株価算定(株式評価報告書)を取得し、それに基づいて価格を設定します。これが税制適格性や贈与認定の回避に直結するため、必ず専門家の関与を得て価格を設定する必要があります。

ストックオプションの設計に不備があった場合、IPOの成否に直結する問題となりかねません。
制度を導入すること自体を目的とするのではなく、“IPOの成功と成長に寄与する制度にすること”が本質ですので、現状の制度や方針を専門家に共有し、IPOフェーズに適した設計と実行体制を整えることから始めてみられることをお勧めします。
当事務所ではIPO準備に伴うストックオプションについて、ストックオプションの制度設計から上場後の継続的な支援まで、弁護士・税理士が社内連携の上でご対応しております。将来的なIPOを検討している企業についてもまずは一度ご相談ください。

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