三六協定では、以下の事由を定めて協定を結ばなければなりません（労働基準法施行規則16条）。

①時間外又は休日の労働をさせる必要のある具体的事由

②業務の種類

③労働者の数

④一日及び一日を超える一定の期間についての延長することができる時間

⑤休日労働をさせる日

⑥有効期間

なお、労使協定の内容は、時間外労働の限度に関する基準（平成10年労働省告示第154号）に適合していなければなりません。