医療機関やクリニックの経営を支援する手段として、国や自治体が提供する各種補助金制度が注目を集めています。
しかし、補助金制度は非常に多岐にわたり、対象・要件・スケジュールが頻繁に更新されるため、「どれが自院に合うのか」「どこまで経費が対象になるのか」が分かりづらいのが実情です。
本記事では、2025年11月時点で申請可能な主要補助金の中から、クリニックが実際に活用できる制度を厳選し、それぞれの特徴をわかりやすく整理します。
1. まず押さえたい全体像：補助金の種類と選定フレーム
1-1 国・独法系／自治体系の違いと情報の探し方
補助金には、大きく分けて「国・独立行政法人が実施する全国型」と「自治体が実施する地域限定型」の2種類があります。
それぞれの特徴を理解し、どの情報源から確認するかを把握しておくことがまずは大事です。
（1）国・独法系補助金
経済産業省・中小企業庁・厚生労働省・NEDO（新エネルギー・産業技術総合開発機構）などが管轄し、全国の中小企業・医療機関を対象とする補助金です。
主な制度には、次のようなものがあります。
- ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金
- 中小企業省力化投資補助金（一般型・カタログ型）
- 新事業進出補助金
- 事業承継・M&A補助金
- NEDO Deep Tech Startup 支援事業（DTSU）
これらの申請は、原則として電子申請システム「jGrants」から行います。
電子申請のため、GビズIDプライムアカウントの取得が必須です。アカウント発行には３〜４週間かかるため、申請予定がある場合は早めの準備が必要です。
（2）自治体系補助金
都道府県・市区町村・中小企業振興公社などが実施する補助金で、地域の実情に応じた支援を行います。
例として、東京都の「事業環境変化に対応した経営基盤強化事業」や福岡県の「中小企業者経営革新支援事業」などがあります。
医療機関向けの制度では、地域医療体制整備・感染症対策・省エネ診療所改修などのテーマも見られます。
（3）情報収集の方法
- 各補助金の公式Webサイト・公募要領
- 経済産業省やSMEサポートジャパン（中小企業基盤整備機構）の最新情報
- 商工会議所・中小企業支援センター
- 医師会・医療団体のメールマガジン
これらを定期的に確認することで、締切直前の駆け込みではなく、余裕をもった事前設計型の申請が可能になります。
1-2 クリニックに相性が良い補助金の見分け方
補助金選定で重要なのは、「制度の金額」よりも自院の経営課題との一致度です。
クリニックが補助金を検討する際は、次の３ステップで整理するとわかりやすいでしょう。
① 対象経費の一致を確認する
医療機器・ソフトウェア・内装・什器など、補助金ごとに対象となる経費範囲が異なります。 たとえば、省力化投資補助金では設備やシステム導入費が中心で、設計費やリース料は対象外になるケースもあります。
② 事業目的との整合性を確認する
各補助金には政策目的が明記されており、「医療DX」「省人化」「GX（脱炭素）」「事業承継」などのキーワードが並びます。 この目的に合致した取組でなければ、採択は難しくなります。 例として、「受付業務の無人化」「予約・会計のクラウド化」「地域連携による新事業創出」などは、ほとんどの補助金で高い評価を受けやすいテーマです。
③ スケジュールと準備期間を考慮する
補助金申請には、「事業計画書」「見積書」「組織図」「導入機器仕様書」など多くの添付資料が求められます。 締切直前に準備すると誤記や形式不備が生じやすくなるほか、資料や書類作成が期限までに間に合わないという可能性もあります。締切から逆算して1か月前には添付資料含めてドラフト完成を目指すことが理想です。
2. 2025年秋以降に申請可能な主要補助金（ダイジェスト一覧）
2-1 比較早見表：上限額／補助率／公募時期／主な対象経費
以下は、クリニック経営において活用を検討すべき補助金をダイジェストで整理した表です。詳細は次章以降で制度ごとに深掘りします。
| 補助金名称 | 補助上限額 | 補助率 | 公募時期（目安） | 主な対象経費 |
|---|---|---|---|---|
| ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金 | 750万円～4,000万円（従業員数・規模により） （ものづくり補助事業公式ホームページ） |
原則 1/2～2/3 | 第22次公募開始：2025年10月24日／申請受付：2025年12月26日～／締切：2026年1月30日17:00 | 革新的な新製品・新サービス開発に必要な設備・システム投資など |
| 中小企業省力化投資補助金（一般型） | おおよそ 1,500万円～1億円程度（従業員数・大幅賃上げなど要件による枠区分で変動） （中小企業省力化投資補助金サイト） |
1/3～2/3 | 第4回公募締切：2025年11月27日（木）17:00 | IoT・ロボット等による省人化設備／システム構築投資 |
| 新事業進出補助金 | 750万円～9,000万円（従業員数・枠による） （中小企業新事業進出補助金サイト） |
1/2 | 第2回公募締切：2025年12月19日（金）18:00 | 既存事業とは異なる新市場・高付加価値事業のための投資 |
| 事業承継・M&A補助金（事業承継促進枠） | 800万円～1,000万円（申請枠等による） （事業承継・M&A補助金サイト） |
1/2～2/3 | 13次公募締切：2025年11月28日（金）17:00 | 事業承継・統合に際しての設備投資・経営資源引継ぎ等の費用 |
※注意：上記「主な対象経費」「補助上限額」等は各制度の公募要領に基づく目安です。申請時点で最新の公募要領を必ず確認してください。
2-2 対象となりやすいクリニックの投資テーマ（電子カルテ、受付自動化、画像診断更新 等）
クリニックが補助金を検討する際には、自院の課題と投資テーマを補助金の目的とマッチさせることが重要です。以下のようなテーマは、上記の補助金と相性が良く、採択機会が高まる傾向にあります。
- 電子カルテ・レセプトクラウド化／院内データ連携基盤整備
- 受付・会計の無人化・セルフレジ・オンライン予約＋決済のシステム構築
- 画像診断機器（CT・MRI・超音波等）およびAI読影補助ソフトの更新
- 診療フローの省人化（看護アシストロボット・AI問診・遠隔モニタリング等）
- 在宅医療・訪問診療の新サービス立ち上げ（新事業進出補助金との親和性高）
- 医療法人承継・分院化によるM&Aスキーム（事業承継・M&A補助金が活用可）
- 都市部クリニックでの診療所改築・省エネ改修（都道府県限定制度との併用検討）
これらのテーマを、補助金制度のキーワード（例：生産性向上、DX促進、地域連携、新サービス創出）と重ねて整理することで、「なぜ今投資が必要か」「その投資がどのように成果を生むか」を計画書で説得力あるストーリーとして提示できます。
3. 主要制度①：ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金
3-1 制度の要点（目的／上限／補助率／スケジュール）
この制度は、我が国が掲げる「中小企業（サービス業含む）の生産性革命」の一環として、革新的な新製品・新サービス開発や生産プロセスの改善に対して設備投資・システム導入等を補助するもので、クリニック経営においても「医療DX」や「受付・会計省人化」「新サービス創出」といったテーマで活用できる可能性があります。
補助上限
概ね 750万円～4,000万円（従業員数・事業規模によって変動）
補助率
原則 1／2～2／3（中小企業の革新性・成長可能性を示せば2／3となるケースあり）
スケジュール（目安）
第22次公募は2025年10月公募開始／締切は2026年1月30日（金）17:00※詳細は公募要領を参照。 この上限規模・補助率の水準は、クリニック規模の設備投資として十分検討に値します。
3-2 医療機関が対象となる投資例（医療DX、自動化、院内オペ改善）
クリニックがこの補助金を活用しやすい投資テーマとしては、以下が想定されます。 – 電子カルテ／レセプトクラウドの刷新、院内データ連携基盤の構築
- 受付〜会計フローの無人化もしくは大幅な合理化（セルフ会計機、オンライン問診＋予約決済）
- 画像診断機器やAI読影補助ソフトの導入・更新による回転率向上
- 患者導線・診療フロー改善に資する設備改修（待合スペースの再配置、タブレット問診など）
- 新自由診療サービス（ウェルネス・在宅・遠隔診療）を支えるプラットフォーム構築
たとえば「受付無人化＋オンライン決済導入で患者待ち時間40％短縮」というように、KPI（待ち時間・診療回転数・患者満足度）を設定できるテーマは評価が高い傾向にあります。
3-3 申請要件・加点（賃上げ要件・GX／DX関連・成長性加点 等）
この補助金では、次のような要件・加点要素が重要です。
- 賃上げの実績または計画（常時雇用者の賃金引上げ等）
- DX／GX（デジタル化、脱炭素対策）を含む取組であること
- 多年度にわたり成長可能なプランであること（１年限りではなく継続性）
- 事業実施体制が明確であること（役割分担、スケジュール表、管理体制など）
4. 主要制度②：中小企業省力化投資補助金（一般型・カタログ型）
4-1 制度の要点と「一般型／カタログ」の違い
この補助金は、少子高齢化・人手不足問題が深刻な中で、ロボット・IoT・業務支援システムなどを導入し、省人化・業務効率化を実現する投資を支援する制度です。医療業界でも受付・会計・医事・看護助手など、人的負荷軽減が喫緊の課題となっており、クリニックでの活用可能性が高いです。
補助上限
おおよそ 1,500万円～1億円程度（従業員数・大幅賃上げなど要件による枠区分で変動）
補助率
1／3～2／3
スケジュール目安
第4回公募締切
2025年11月27日（木）17:00
「一般型」は自由度が高く、システム・設備・改修を含めて申請可能。一方で「カタログ型」は、あらかじめ登録されている機器／システムから選択する形式で、手続きが比較的簡便です。
4-2 クリニック現場での省人化ユースケース（無人受付・決済・バックオフィス自動化）
クリニックにおける具体的な活用場面として、以下のようなユースケースが考えられます。
- 自動受付機・タブレット問診＋オンライン決済導入による受付スタッフ人数削減
- 勤怠管理システム・シフト自動化・バックオフィス（請求・会計・在庫管理）クラウド化
- 看護補助ロボット・離床センサーの導入による看護助手の業務軽減
- 遠隔問診／オンライン診療初期対応システム導入による外来人数の最適化
これらを「何時間／何人分」削減できるか、「待ち時間」「診療回転率」「残業時間減」など数値目標を設けて計画書を作ることで、申請時の説得力が向上します。
5. 主要制度③：新事業進出補助金
5-1 制度の要点（既存と異なる新市場・高付加価値への展開）
この補助金は、既存事業とは異なる「新市場参入」「高付加価値サービスの展開」を促す制度であり、一般的な設備更新だけでなく、新たなビジネスモデルの構築に対して補助が出るという点が特徴です。
補助上限
概ね 750万円～9,000万円（枠・従業員数による）
補助率
1／2
スケジュール
第2回公募締切
2025年12月19日（金）18:00
※12月中に第3回公募予定の記載あり。
医療機関にとっては、自由診療・ウェルネス・在宅・遠隔医療・地域包括ケア強化など、新サービス立上げに向く制度と言えます。
5-2 医療機関での新事業例（自費診療ライン、在宅・遠隔、ウェルネス連携）
クリニックがこの補助金を活用する際の新事業例としては、以下のようなものが考えられます。
- 健康増進・予防医学・ウェルネス部門の立上げ（例：生活習慣病リスク検査＋AI分析＋遠隔フォロー）
- 在宅医療・訪問診療の新ライン展開（既存診療とは異なるサービス形態）
- 遠隔診療プラットフォーム構築＋データ活用・サブスクリプションモデル導入
- 海外・地域外サービス（地域連携による観光医学・医療ツーリズムなど）
これらは「既存と異なる付加価値を生むサービス」であり、審査側にとっても革新性が認められやすく、医療法人・個人開業医ともにチャレンジ性があります。
5-3 採択傾向・留意点（市場定義・差別化・実現性）
この制度で採択を高めるためには、次のポイントが重要です。
市場定義
自院が参入する市場（例：ウェルネス×地域高齢化、在宅×ICT）を明確にし、既存サービスとの差別化を示す。
差別化
競合他院・地域他社との差別化戦略（AI活用、新しい検査法、外部連携）を描く。
実現性
計画の実施体制・関係機関・収益モデル・導入スケジュールが具体的であること。
拡張性・成長性
単院導入にとどまらず、分院展開・地域展開・他サービス連携など、スケール可能性を描いておく。
特にクリニックの場合、診療報酬制度・保険外収入の範囲・地域需要を絡めて「なぜこのサービスが必要か」を論じることが説得力を高めます。
6. 主要制度④：事業承継・M&A補助金
6-1 制度の要点（承継／統合時の投資・PMI・専門家費用）
この制度は、企業承継・M&Aを通じた経営資源の引継ぎ・統合を支援するもので、医療法人・クリニック経営においても、有効な活用機会があります。
補助上限
800万円～1,000万円（申請枠・枠数により異なる）
補助率
1／2～2／3
スケジュール目安
13次公募締切
2025年11月28日（金）17:00
事業承継・M&A後の設備投資、業務統合、経営統合、専門家（FA・会計・税務・法務）費用等 クリニックが分院化を検討している、理事長交代・法人統合を進める際には、投資負担軽減の手段としてこの制度がマッチします。
6-2 医療法人承継・分院化・M&Aの活用パターン
医療機関での具体的活用パターンとしては、例えば以下が考えられます。
- 理事長交代に伴う法人統合・グループ化を通じ、バックオフィス（会計・人事労務・IT）を共有化し、効率化を図る。
- 分院を設立または既存クリニックをM&Aで取得し、設備更新・ブランディング・集患力アップを図る。
- M&Aに際してのデューデリジェンス（DD）、FA費用、PMI（ポストマージャーインテグレーション）に係る費用を補助対象とする枠がある。
このようなスキームを「承継・統合→効率化・成長」のロードマップとして描けるクリニックには大きなメリットがあります。
6-3 デューデリ・FA・PMI費用の計上可否と証憑管理
申請・実行時には下記のようなポイントに注意が必要です。
- FA・DD費用（契約・交渉・調査費用等）が補助対象となる枠が明示されているか、公募要領を確認すること。
- 設備投資（IT統合、会計システム導入、業務効率化設備）を含む場合、それぞれの仕様書・見積書・契約書・発注書・納品証明を整備する。
- 事業承継・M&A後の統合効果（統合によるコスト削減、売上拡大、新サービス創出）を数値目標（KPI）として計画書に盛り込むこと。
7. 主要制度⑤：都道府県／地域限定制度（例：福岡県）
7-1 地域限定補助金の概要
都道府県が独自に実施する補助金は、地域の産業構造や医療体制の特性を踏まえた支援内容となっており、全国型補助金と比較して、特定のテーマや地域によっては申請競争率が比較的低く、採択率が高い傾向が見られます。（ただし、制度や公募時期によって競争率は変動します。）
ここでは、クリニック経営で特に活用が見込める 福岡県の代表的制度を紹介します。
（A）福岡県医療従事者勤務環境改善促進費補助金（生産性向上・職場環境整備等支援事業）
対象
福岡県内の病院・診療所・訪問看護ステーション等（医科・歯科問わず）
補助対象取組
ICT機器導入、タスクシフト・タスクシェア、業務改善による労働環境整備、賃上げ支援など
補助率
10/10（全額補助）
補助上限
無床診療所1施設18万円、有床診療所・病院は「病床数×4万円」
活用例
勤怠管理システム導入、電子カルテクラウド化、受付・看護業務省人化ツール導入
小規模クリニックでも導入コストをほぼゼロでカバーできるため、医療DX導入の“初期ステップ”補助金として活用しやすい制度です。
福岡県医師会と連携して実施されているため、申請時は医師会事務局との情報共有がスムーズです。
（B）福岡県重点医師偏在対策支援区域における診療所の承継・開業支援事業
対象
福岡県内の「重点医師偏在対策支援区域」で診療所の承継・開業を行う医師
補助内容
- 設備整備（医療機器、改修工事等）補助率1/2
- 地域定着支援（職員手当・住宅補助等）補助率2/3
上限額
数百万円単位（年度・対象区分により変動）
申請主体
承継または新規開業を行う医師個人または医療法人
これは「地域医療の維持・承継」を目的とした補助金であり、福岡県内で医療過疎地域への進出・承継を検討しているクリニックにとっては、開業支援資金の実質的な補填制度として極めて有用です。
8. 当事務所の支援体制のご紹介
当事務所グループは、弁護士法人を中心に、社会保険労務士法人・税理士法人・行政書士法人・司法書士法人を一体で運営しています。
医療機関における補助金活用では、補助金の申請手続だけではなく、以下のような法務・労務・税務・登記・許認可といった全方位からの調整が欠かせません。
- 申請資格（中小企業者該当性）の法的判定
- 医療法・法人運営規定に抵触しない契約設計
- 社員・職員の雇用条件や賃上げ方針の整合性
- 投資後の税務処理（資産計上・減価償却・消費税処理）
- 医療機器リース・割賦契約の法的チェック
- 登記・許認可（分院設立、医療機器更新）の実務処理
当事務所では、これらの要素をすべてグループ内で一貫管理し、補助金活用を安全かつ最大効率で実現できる体制を整えています。
補助金活用をご検討中のクリニックの先生は、まずは一度ご相談ください。