クリニックや医療法人を経営するうえで、適切な税金対策は単なる節税を超えて、経営基盤の健全化や職場環境の整備にもつながります。本記事では、医療機関に精通した税理士の視点から、医療法人・個人事業それぞれに活用できる税金対策や制度、具体的な設計方法、日常の注意点まで、実践的にわかりやすく解説します。
1. 医療機関における税金対策の基本的な考え方
1-1. 「節税」と「脱税」の違いと税務リスクの認識
税金対策を考える際に最初に押さえておくべきことは、「合法的な節税」と「違法な脱税」の線引きです。 節税とは、税法上認められた制度や控除、会計処理の工夫を活用して、正当な範囲で税負担を軽減することを指します。 一方で、意図的に売上を除外したり、架空の経費を計上したりする行為は、脱税や過少申告加算税・重加算税の対象となり、調査で発覚すれば多額の追徴課税を受ける可能性があります。
特に医療機関は、「現金取引がある」「家族従業員が多い」「自由診療の収入が一定ある」といった特性から、税務調査で“グレーな処理”が発見されやすい業種でもあります。
そのため、節税を考える際には、税理士など専門家のチェックのもと、「合法性・正当性・持続可能性」の3点を意識して取り組むことが重要です。
1-2. 医療機関における税金対策の特徴とは？（他業種との違い）
医療機関の税務は、一般企業とは異なる特徴を多く持っています。 その理由の一つが、診療報酬という特殊な収益構造です。 これは、自由診療や物品販売とは異なり、保険制度を通じて一定の手続・審査を経て入金されるため、収益の計上タイミングや請求方法が特殊であることが多いです。
また、以下のような点も、医療機関ならではの税務特性です。
- 医療機器の購入費用が高額である一方、法定耐用年数が長い（償却による節税効果をどう設計するか）
- 家族経営が多く、親族への給与支払いの妥当性が問われやすい
- 医療法人制度との関連があり、法人と個人の税制・財産管理が複雑になりやすい
こうした背景を踏まえ、他業種の税金対策方法をそのまま流用するのではなく、医療機関に特化した税務設計が必要になります。
1-3. 健康経営と税金対策はどう結びつくのか
税金対策というと、「どれだけ税額を抑えられるか」という視点に偏りがちですが、 本来、税金対策は“経営の健全化”や“人材定着”、“将来への備え”といった経営課題と密接に関係しています。
たとえば、
- 福利厚生費の活用によって、スタッフの満足度向上と節税を両立できる
- 医療機器や設備投資を計画的に行うことで、診療の質を高めつつ、減価償却による節税にもつながる
- 退職金制度や共済制度を導入することで、法人・院長双方の資産形成と節税を同時に図れる
このように、税金対策は単なる節税手段ではなく、“健康経営の一環”として戦略的に取り組むことで、大きな付加価値を生み出すことができます。
2. 医療法人と個人診療所で異なる税金対策の視点
2-1. 医療法人の税制上のメリットと制約
医療法人には、一般の法人と同様に法人税が課税されますが、一定の節税効果が期待できる反面、制約も存在します。
主なメリットは以下の通りです。
医療法人の税法上メリットの例
- 所得分散が可能になる（役員報酬として家族に給与支給）
- 法人契約の保険や退職金制度を活用しやすくなる
- 利益を法人内に内部留保することで、将来的な投資に備えられる
一方で、以下のような制約にも注意が必要です。
医療法人の制約の例
- 配当が認められていないため、法人の利益を出資者に還元できない
- 持分のない医療法人への移行時は、出資持分の放棄等が必要になる場合がある
- 理事長・理事の報酬は適正水準でないと指摘を受けやすい
医療法人化を選択する際は、税金面だけでなく、法的・制度的側面も含めた総合判断が求められます。
2-2. 個人開業医（診療所）ならではの節税上の注意点
個人開業医の場合、事業所得として申告することになりますが、所得税は超過累進税率のため、所得が増えると税負担が急激に上がります。
そのため、以下のような対策が有効です。
- 青色申告特別控除（最大65万円）の活用
- 配偶者や親族への専従者給与を適正に支給し、所得分散を図る
- 自家用車や自宅の按分計算を合理的に行い、事業経費に組み込む
ただし、これらの対策は記録・根拠が不十分だと否認されやすいため、日常的な帳簿の管理に加え、税理士が定期的に経費処理や節税項目を確認・点検できる体制を整えておくことが重要です。
2-3. 法人成りを検討すべきタイミングと損得ライン
「どのタイミングで法人化すべきか？」という質問は非常に多くありますが、 一般的には、年間の所得（＝売上−経費）が1,000万円を超えてくるかどうかが一つの目安とされています。
これは、個人事業主の場合、所得税が超過累進課税となっており、一定以上の利益が出ると法人税の方が税率的に有利になるためです。
法人化によって得られる主なメリットには、次のような点があります。
法人化によるメリットの例
- 所得分散による節税が可能になる（例：配偶者・親族を法人役員として給与支給）
- 退職金制度・法人保険・小規模企業共済など、法人契約を通じた資産形成の選択肢が広がる
- 利益を法人内に留保できるようになるため、次年度以降の設備投資や人件費強化に備えることができる
- 法人としての信用力が上がるため、金融機関との関係強化や分院展開をしやすくなる
こうした節税効果・制度活用の自由度の広がりは、個人事業では得られない大きなメリットと言えます。
一方で、法人化には、個人事業にはない制度的な制約や自由度の低下といったデメリットもあります。
具体的には、次のような点に注意が必要です。
法人化による制約・デメリット
法人の資金を生活費や個人的な支出に自由に使うことはできず、個人的に必要な資金については役員報酬や立替金の形式で適切に処理が必要
→ 適切な科目で処理ができない場合は役員貸付金として帳簿上に残ることとなり、利息の認定課税や経費否認、さらには“実質的な利益流用”とみなされ、税務上の大きなリスクにつながることもあるため注意が必要です。
法人名義の支出であっても、業務との関連性が不明瞭な場合には、経費として認められにくくなります。
→ 交際費や福利厚生費なども、「誰に・何のために」使ったかの合理的説明が求められます。
利益を役員報酬という形で個人に移す場合、金額や支給時期が不自然だと“過大報酬”として否認されるおそれがあります。
→ 役員報酬の他にも、法人が保有する不動産や車両、医療機器などの資産を、院長やその家族など個人に移転する場合には、売買契約や賃貸借契約など、適正な法的手続きを経て対価の授受を明確にしておかなければなりません。
手続きが曖昧なまま実質的に個人が使用していると、「経済的利益の無償提供」とみなされ、法人にとっては損金不算入、個人にとっては給与課税の対象となるなど、税務上の大きなリスクが生じる可能性があります。
税金対策として法人化を検討する場合は、税務面の損得だけで判断するのではなく、経営の方向性・事業規模・家族の関与度合いなど、複数の要素を総合的に加味して方針を決める必要があります。
法人化した後で、想定よりも経営負担が大きくなってしまったというような事態にならないよう、事前に専門家への相談を行ったうえで検討を進めるようにしてください。
3. 今すぐ見直したい、医療機関における経費の適正化と税務戦略
3-1. 診療報酬と経費のバランスを整える
医療機関においては、診療報酬という安定的な収入がある一方で、支出（経費）の内訳がブラックボックス化しやすい傾向にあります。 特に個人開業医や中小規模の医療法人では、「院長が大枠を把握しているつもりでも、実際には支出の内容が属人的で曖昧」ということが少なくありません。
経費を適正化し、節税にもつなげるためには、まず“支出の見える化”が出発点になります。たとえば以下のような視点で棚卸しを行うと効果的です。
- 人件費、医薬品費、委託費、家賃など固定費と変動費に分けて分類する
- 支出項目ごとに前年比較・月次推移・業界平均との比較を行う
- 経費ごとに「誰が」「何のために」「どこに支払ったのか」の記録を徹底し、説明可能な体制を整える
これにより、不要な支出・過剰なコストを削減しつつ、必要な部分には戦略的にお金を使う判断ができるようになり、税金の最適化にもつながります。
3-2. 医療機器のリース・購入・償却の選択と節税効果
高額な医療機器を導入する際、「一括購入」「割賦」「リース」など複数の選択肢がありますが、税務上の扱いやキャッシュフローへの影響を正しく理解して選択することが重要です。
たとえば以下のような違いがあります。
| 区分 | 節税のタイミング | 会計処理の特徴 | 主な留意点 |
|---|---|---|---|
| 一括購入 | 資産計上 → 減価償却 | 減価償却により数年にわたり費用化 | 資金繰りに注意が必要 |
| 割賦購入 | 同様（資産計上） | 分割払いだが原則として資産扱い | 金利部分の取扱いを明確にする |
| リース | リース料をその都度経費計上 | 毎月のリース料が損金になる | 契約期間・残価設定に注意 |
節税効果の観点では、短期間で大きな経費化ができるリースや中小企業経営強化税制を利用した即時償却なども検討対象になりますが、医療法人では「長期的な保有を前提とした医療機器の性質」との整合性をどう考えるかもポイントです。
税理士と相談のうえ、キャッシュフロー、資産管理、償却負担のバランスを踏まえて最適な方法を選ぶことが大切です。
3-3. 福利厚生費・研修費・図書費などの活用”
経費を正しく活用すれば“お金を使いながら税負担を軽くする”ことも可能です。 その代表例が、福利厚生費や教育研修費の活用です。
たとえば以下のような支出は、適正な条件を満たせば経費として認められるうえに、職員の満足度向上や離職防止にも貢献します。
- スタッフ向けの健康診断・インフルエンザ予防接種
- 法定外福利（昼食補助・慶弔見舞金制度）
- 学会参加・オンライン研修・専門書購入・資格取得補助
ただし注意すべき点は、法人の業務に関連し、かつ支給対象や金額が一律であることなどの「経費性の要件」を満たす必要があるということです。
経費性が認められない場合は、税務調査で否認されるリスクがありますので、留意の上で活用するようにしましょう。
3-4. 院長・家族従業員への給与設計とその注意点
医療機関では、院長の配偶者や子どもなどが経営や現場に関与しているケースも多く、給与支払いによる所得分散が節税効果をもたらすのは事実です。
しかし、税務上は以下の点に十分注意が必要です。
- 勤務実態があること（出勤簿・業務記録・職務内容）
- 給与額が職務内容に照らして妥当であること（市場水準との比較）
- 事前に雇用契約書や就業規則、賃金規程が整備されていること
また、法人役員である家族には使用人兼務役員かどうかによって賞与の取扱いが大きく異なり、事前確定届出がなければ「損金不算入」となり、経費として落とせなくなる点にも注意が必要です。
適正な設計と書面の整備、第三者から見た透明性を確保することで、税務上のリスクを避けながら、安定的に所得分散による節税効果を得ることができます。
4. 節税効果の高い中長期対策と将来を見据えた準備
4-1. 退職金制度の導入と小規模企業共済の活用
退職金は、節税と資産形成を両立させる最も基本的かつ有効な制度のひとつです。 特に法人の場合、適切に設計された退職金は、全額を損金（法人の経費）として計上できるため、将来の支出を見据えた戦略的な資金準備として活用されています。
また、個人開業医の場合でも、小規模企業共済制度（中小機構が運営）に加入することで、掛金を「全額所得控除」として扱えるため、現役時の所得税を抑えつつ、将来の退職時に資金を受け取ることが可能です。
【制度比較のポイント】
| 制度名 | 対象 | 節税効果 | 注意点 |
|---|---|---|---|
| 医療法人の退職金制度 | 法人役員・従業員 | 法人側で全額損金算入 | 社内規程・議事録の整備が必要 |
| 小規模企業共済 | 個人開業医・法人役員 | 掛金を全額所得控除 | 解約・受取時の課税に注意 |
いずれの制度も、「支払う時の税負担」と「受け取る時の課税」をトータルで設計することが重要です。
税理士との相談を通じて、退職時のキャッシュフローと連動させた設計を行いましょう。
4-2. 生命保険の活用と“法人契約”の損金性の見直し
生命保険は、法人・個人を問わず節税目的でよく活用される手段ですが、2019年の税制改正以降、法人契約による節税メリットは大きく制限されました。
特に全額損金扱いの保険商品（いわゆる“節税保険”）は減少し、保険料の損金算入は契約形態や保障内容によって扱いが大きく異なります。
それでも、次のような活用は現在でも有効です。
- 長期平準定期保険などを使って退職金・弔慰金の準備を行い、一定割合を損金計上
- 定期保険を「医療法人のリスクヘッジ」として導入し、資金流出リスクに備える
- 契約内容・保険金受取人を法人または個人で調整し、資産移転の設計に活用する
ただし、制度設計を誤ると、損金処理が認められなかったり、税務調査で否認されたりするリスクもあるため、税理士に相談の上での設計を進めましょう。
4-3. 医療法人における積立・留保金の有効な使い方
医療法人の場合、利益を分配（配当）することはできませんが、内部留保として蓄積することは可能です。 この「留保利益」は将来の設備投資や分院展開、人材採用などに備える財源となります。
ただし、過度な留保は「目的外蓄積」として医療法人制度上の問題になることや、調査で“課税逃れ”と見なされる可能性もあるため注意が必要です。
積立・留保金を有効活用するためのポイント
- 中長期的な設備更新計画や人件費計画と連動させた資金計画を作成
- 定款・事業計画との整合性を持った資金の使い道を明示
- 税務調査時に資金の使途計画を示せるよう、必要書類（議事録・計画書）を整備
4-4. 事業承継・相続を見据えた資産管理会社との連携
将来的に医療法人やクリニックを事業承継・廃業・売却といった形で移行する場合、資産の管理と税務の分離を意識した構造設計が重要になります。
特に、不動産や高額な医療機器を保有している場合には、資産管理会社（医療法人とは別法人）を活用することで、事業承継時のスムーズな資産移転・税務負担の軽減が図れるケースもあります。
たとえば、
- 診療所の土地・建物を資産管理会社に保有させ、医療法人と賃貸借契約を結ぶ
- 将来的な事業承継時に、医療法人と資産会社のそれぞれを別々に承継・売却可能にする
- 医療法人では経費にできない支出（退職慰労金など）を、資産会社を通じて柔軟に支給設計
ただし、こうしたスキームは目的が不明確なまま進めると「節税目的の分離」として税務署から否認されるリスクもありますので、必ず専門家に相談の上で設計をするようにしてください。
5. 税金対策における「やってはいけないNG対応」
5-1. 経費の水増し・家事関連費の不適切な按分
節税のために「経費を多くつけたい」という気持ちは理解できますが、経費の“水増し”や“グレーな按分”は、税務調査で最も指摘されやすいポイントの一つです。
特に医療機関では以下のようなケースが見られます。
- 家族旅行を「医療学会出張」として処理
- 自宅で読んだ書籍・雑誌をすべて「図書費」として計上
- 自家用車のガソリン代・整備代を全額「車両費」として経費化
- 自宅兼診療所の光熱費を、事業割合に関係なく全額計上
こうした処理は、“なんとなく経費”として通してしまいやすいものの、記録や根拠が不十分だと否認対象になります。
特に按分処理については、以下を明確にしておくことが重要です。
- 使用頻度や利用時間など、合理的な割合であること
- 計算根拠を残し、税務署に説明できる状態にあること
- 他の医療機関と比べて不自然に大きな経費比率になっていないか
節税のつもりが、過少申告加算税や重加算税につながったということのないよう、適正な処理を前提とした節税意識が不可欠です。
5-2. 家族名義への過大支払いと使用人兼務役員の賞与問題
院長の配偶者や子どもを経営や現場に関与させている場合、「家族への給与支払いを通じた所得分散」が大きな節税効果をもたらします。 しかし、支払いが実態に見合っていないと、税務上は“過大な役員報酬”とされる可能性があります。
特に注意が必要なのが次のケースです
- 実際には週1回の手伝いにもかかわらず、常勤スタッフ並みの給与を支給
- 使用人兼務役員（理事兼事務長など）に、事前届出のない賞与を支給している
- 家族の中で、業務に従事していない者にも名義だけで報酬を出している
これらはすべて、税務署から経費性の否認や役員給与としての制限適用を受けやすいポイントです。
法人の場合、役員賞与の支給は以下の3パターンに限定され、要件を外れると損金に算入できませんので注意しておきましょう。
1. 事前確定届出給与
2. 定期同額給与
3. 業績連動給与（上場企業等のみ）
5-3. グレーな節税スキームへの過信と税務調査のリスク
近年、SNSやインターネットなどを通じて、「これだけで節税○百万円」「税理士に内緒でできる方法」といった一見魅力的な節税スキームが広がりを見せています。 しかし、これらの中には、
- 節税の本質から外れたもの（＝租税回避スキーム）
- 税制改正前の旧制度に依存したもの
- 実態を伴わない法人間取引・仮装スキーム
など、実務上・税務上のリスクが極めて高いものが少なくありません。
ご自身のみでの判断をするのではなく、必ず税理士に相談の上で適切な形での税金対策を行うように注意してください。
6. FAQ｜クリニック・医療法人の税金対策に関するよくある質問
Q1. 税金対策を始めるのは決算期の直前でも間に合いますか？
A. 決算間際でも一定の対策（減価償却資産の購入、賞与の時期調整など）は可能ですが、本質的な節税効果を得たい場合は、期中からの準備が重要です。 特に役員報酬の設計、退職金制度の整備などは、制度設計・社内規程整備・契約締結などに時間がかかるため、決算2〜3か月前では間に合わないケースもあります。 早めに税理士と共有し、「今期でできること／来期に向けて準備すること」を整理することをおすすめします。
Q2. 節税を意識して設備投資を増やすのは正解ですか？
A. 必要な設備投資を早めに実施することで、減価償却や特別償却制度を活用した節税効果が得られるのは事実です。 しかし、「節税のためだけに不必要な高額投資を行う」ことは、キャッシュフローを悪化させ、翌期以降の財務に悪影響を及ぼす可能性があるため注意が必要です。 節税と資金繰りは表裏一体です。資金の流出時期と税金の軽減効果のバランスを必ず検討しましょう。
Q3. 役員報酬はあとから利益を見て調整することはできますか？
A. 原則としてできません。法人の場合、役員報酬は「定期同額給与」として、事業年度開始から3か月以内に金額を決定し、その後は毎月同額で支給することが税務上の要件となっています。 期中に利益が出たからといって途中で増額すると、その超過部分は損金（法人の経費）として認められず、課税所得が増える原因となります。 事業年度開始前に、売上予測・経費見積もりを踏まえて報酬額を慎重に設計し、必要であれば「事前確定届出給与制度」の活用も検討しましょう。
7. 当事務所が提供する医療機関向け税務支援のご紹介
当事務所では、税理士法人のほかに弁護士法人・社労士法人などの他士業法人をグループ内に持ち、税務面以外のサポートも一貫してできるような支援体制を整えています。クリニックの税金対策だけでなく、医療法上の規制・雇用管理・契約書整備・資産管理まで、医療機関経営を横断的に支援することが可能です。
まずは一度ご相談ください。