医療機関を経営していく上で、避けて通れないのが「厚生局への届出」です。
医師としての業務はもちろんのこと、保険診療を行うためには、診療所や医師個人が保険医療機関・保険医としての指定を受ける必要があり、その手続きを所管しているのが厚生局です。
また、開業時だけでなく、「管理者が変更になった」「法人の所在地が変わった」「新しい診療科を増やした」などの運営中のさまざまな変更についても、一定の届出義務が課されています。
この記事では、開業医・医療法人の理事長・事務長などを対象に、医療機関経営において必要な厚生局への主な届出とその流れ・注意点・タイミング・外注のメリットまでを状況別に分かりやすく解説します。
1. 厚生局とは？医療機関とどのように関わるのか
厚生局は、厚生労働省の地方出先機関であり、医療・福祉・保険に関する業務を担っています。医療機関との関係で最も重要な役割は、保険医療機関や保険医の指定、変更、管理、指導です。
診療報酬を保険請求できるのは厚生局に指定を受けた保険医療機関・保険医でなければならないため、保険診療を実施する場合は必ず厚生局の審査を受けて指定を受ける必要があります。
開業・変更・更新に関する届出は、原則として所在地を管轄する厚生局支部が窓口になります。
2. 開業時に必要な厚生局への届出
2-1. 保険医療機関指定申請（診療所・病院）
診療所や病院を新規開設する際は、「保険医療機関指定申請書」を厚生局に提出し、指定を受ける必要があります。
提出後、申請内容の審査を経て、保険医療機関指定通知書が発行され、指定が有効になります。
主な添付書類例：
- 診療所開設届の控え
- 医療機器一覧
- 使用施設の図面
- 法人登記事項証明書（法人の場合）
- 代表者の履歴書 など
2-2. 保険医登録申請（医師・歯科医師）
個々の医師・歯科医師も、保険医として登録されていなければ保険診療を行うことができません。開業時には、勤務する全ての保険診療従事医師の保険医登録が必要です。
2-3. 指定申請のスケジュールとタイミング
指定申請には、申請受付期間が定められており、月1～2回程度の受付締切がある厚生局が多いです。
たとえば「毎月15日締切、翌月1日付で指定」といったサイクルです。
そのため、内装や保健所手続きが終わったからすぐ保険診療を…というわけではなく、指定スケジュールからの逆算が必要です。
2-4. 開業時に同時進行すべき他手続きとの関係
厚生局手続きと同時に、以下のような開業に伴う手続きも並行で行う必要があります。
- 保健所：診療所開設届
- 税務署：開業届・青色申告届出
- 年金事務所：社会保険新規適用
- 労働基準監督署・ハローワーク：労働保険の成立届・雇用保険適用届 など
これらを誰が・いつ・どう進めるのかを事前に整理しておかないと、開業時に混乱が生じる恐れがあります。
3. 運営中に必要となる厚生局への届出・変更手続き
医療機関は開業して終わりではなく、運営していく中でも様々な変更が生じます。たとえば、管理者の交代、名称変更、診療科の追加、新たな医師の採用などです。こうした変更は、厚生局に対しても適切な届出を行う必要があり、対応が遅れたり漏れたりすると、指導対象や保険診療の請求トラブルにつながるおそれもあります。
ここでは、運営中に必要となる主な厚生局への変更手続きを、項目ごとに分かりやすく整理してご紹介します。
3-1. 管理者変更届
管理者（院長・責任医師）が交代した場合は、「管理者変更届」を変更後10日以内に厚生局へ提出する必要があります。届け出を怠ると、指定内容と実態が異なるとして、個別指導や是正指導の対象になることもあります。
3-2. 診療所の所在地変更・名称変更
診療所を移転する場合や、名称を変更する場合も変更後10日以内の届け出が必要です。
なお、所在地変更の場合は再度の保険医療機関指定申請が必要になるケースもあるため、事前に厚生局へ相談することが推奨されます。
3-3. 診療科目の追加・変更
新たな診療科を設ける、または診療科の内容を変更する場合には、厚生局へ10日以内に届け出を行います。
診療報酬の算定方法や保険請求内容が変わる可能性があるため、レセプトソフトの設定変更や、事務職員への事前周知も忘れずに行いましょう。また、必要に応じて、患者や紹介元医療機関への案内や調整が必要になることもあります。
3-4. 法人情報・代表者変更の届出
医療法人の名称・所在地・代表者（理事長）が変更になった場合は、変更後10日以内に変更届を提出します。登記事項証明書の添付が求められるため、法人登記と並行して準備しましょう。
3-5. 職員の追加登録（保険医追加・退職時）
新たに保険診療を行う医師を採用した場合、または退職した場合には、保険医登録の追加・削除手続きを行います。
届出は原則として該当事実が発生してから10日以内に行う必要があります。登録のない医師が診療を行うと、診療報酬の請求に支障が出るため注意が必要です。
3-6. 保険医療機関指定の更新
保険医療機関の指定には6年ごとの更新制度があります。更新の際には、診療実績や医療安全体制に関する確認が行われます。
指定更新を忘れると自動的に保険指定が失効し、保険診療ができなくなるため、確実に期限を管理しましょう。
4. 厚生局対応で気を付けたいトラブルと実務対策
4-1. 書類の不備による差し戻しの例
厚生局への届出では、記載漏れ・添付書類の不足など、形式ミスで差し戻されるケースが少なくありません。届出の種類によっては記入項目が多岐にわたるものもあり、公的書類と完全一致する表記での記載が求められる箇所もあるため、誤記や記載漏れにも注意が必要です。
一度差し戻されると、開業や変更手続きが1ヶ月以上遅れることもあるため、提出前には念入りなダブルチェックを行うようにしましょう。
4-2. 保険医指定が却下されるリスクとその要因
通常、保険医指定が却下されることは多くありませんが、以下のような要因があるとリスクが高まります：
- 過去に保険医療機関として重大な不正があった場合
- 診療報酬返還義務が未履行のままになっている場合
- 必要な資格証明や構造基準を満たしていない場合
また、法人設立の不備や定款・登記事項証明との矛盾があると、確認作業が長期化することもあります。
4-3. 個別指導・実地指導に備えた準備と体制構築
厚生局は、保険診療の適正性を確保するために、個別指導や実地指導を行うことがあります。これは「届出」とは異なる性質ですが、日常的な診療の積み重ねが対象になるため、開業初期からの体制構築が重要です。
具体的には、
- 診療録・レセプト・説明資料の整備
- 診療時間・休診日の厳守
- 無床診療所での入院実態の防止
- 担当者による届出履歴や対応記録の一元管理
など、院内の情報共有とガバナンスの仕組みづくりが指導対策として有効です。
5. 書類作成・届出を自院で対応する際の注意点
5-1. 書式・記載方法の地域差
厚生局の届出書類は全国共通の様式が基本ですが、実際には地域支部ごとに記載方法や添付書類に差異があることがあります。
たとえば「履歴書の手書き指定」「登記事項証明の有効期限指定」「郵送申請可否」など、公式ページだけではわかりづらい実務ルールがあるため、事前に申請先の厚生局支部に問い合わせるのが確実です。
5-2. 自力対応による遅延のリスク
届出業務をすべて院内で行おうとすると、通常業務との兼務負担が大きく、届出に時間がかかってしまうケースや誤記や記載漏れによる差し戻しも起きやすくなります。
特に初めての開業や法人設立時は、「自力では判断が難しいポイント」も多いため、精神的・時間的コストの面からも、外部専門家の関与を検討する価値があります。
6. 厚生局への届出に関するよくある質問（FAQ）
Q. 厚生局への届出と保健所への届出はどう違うのですか？
A：保健所への届出は「医療法」に基づく開設届など、施設そのものに関する手続きです。一方、厚生局は「保険診療の指定」や「医師個人の保険医登録」など、保険制度に関わる行政手続きを所管しています。
Q. 職員（医師や看護師）を追加雇用したとき、全員の届出が必要ですか？
A：厚生局への届出が必要なのは医師・歯科医師・薬剤師など保険診療に関わる資格者です。看護師など一部の職種は届出対象外ですが、医師が保険診療を行う場合は必ず保険医登録が必要です。
Q. 届出を電子で提出することはできますか？
A：一部の申請についてはe-Govや厚生局のオンライン窓口での提出に対応している地域もあります。ただし、書面提出が原則の届出も多いため、個別確認が必要です。
Q. 診療を一時休止し、数か月後に再開する予定です。届出はどうなりますか？
A. 休止時は「診療所休止届」を速やかに提出し、再開予定日の10日前までに「診療再開届」を出します。休止期間中は保険請求ができないため、診療再開日を月初に設定するとキャッシュフローが安定します。
厚生局への届出に関するご不明点は、お気軽に当事務所までご相談ください。
7. 専門家に外注するメリットと弊所グループの支援範囲
届出の外注においては、業務の性質に応じた専門家に依頼することがポイントです。
- 行政書士：診療所開設届・保険医療機関指定申請・各種変更届の申請代行
- 弁護士：法人設立・医療法トラブル・指導対策の助言
- 社労士：就業規則の届出・労務関連届出・社会保険手続対応
- 税理士：開業時の経費計上・税務署届出の代行
など、外注したい内容に応じて適切な専門家に相談をするようにしてください。
また、医療機関の手続きは「開業して終わり」ではないため、運営中の変更届、6年ごとの更新、指導対策など、フェーズごとに発生する業務を俯瞰して対応できる体制が重要です。
Nexill&Partnersグループでは、弁護士法人を中心に、税理士法人・社労士法人・司法書士法人・行政書士法人が社内連携し、医療機関の各種手続きをワンストップで対応しています。
- 医療法人設立〜保健所・厚生局届出の一括支援
- スタッフ採用に伴う雇用契約・就業規則整備
- 保険診療に関するトラブルや個別指導の法的対応
など、厚生局への届出手続だけでなく周辺領域までをカバーできる体制を整えておりますので、まずは一度ご相談ください。